El conflicto se genera principalmente por la negativa de la empresa a firmar un acuerdo laboral donde se respeten los derechos de los trabajadores recogidos en el convenio colectivo del Canal de Isabel II, cuya renovación lleva una año sin firmarse.

La dirección tiene un objetivo único: eliminar el convenio del Canal de Isabel II, con el fin de que a los trabajadores que ingresen en la nueva empresa se les aplique otro convenio colectivo que podría ser el convenio del sector, o bien un convenio que se negociara nuevo partiendo de cero. Están dispuestos a pactar un acuerdo donde se respeten parte de los derechos que se tienen actualmente recogidos en el convenio colectivo del Canal de Isabel II para aquellos trabajadores que pasasen a la nueva empresa, bajo el modelo de "contractualización individual".

El comité de empresa mantiene la defensa de los derechos colectivos de los trabajadores, con lo cual exige que el pacto debe de ser colectivo y debe ser un documento público, es decir, registrado en el Ministerio de Trabajo de acuerdo con lo establecido en el artículo 83.3 del Estatuto de los Trabajadores, donde se recoge la posibilidad de que los representantes sindicales pacten con las empresas "acuerdos sobre materias concretas".