El motivo de llevar este proyecto al Parlamento Europeo está basado en que las dos únicas opciones propuestas para dicha instalación se encuentran en zona perteneciente a la Red Natura 2000 y en que ambas alternativas afectarían tanto a LIC y ZEPA, ocupando 6 de las 7 hectáreas propuestas a hábitats de interés comunitario. También se produciría una afección de los cursos bajos de los ríos Manzanares y Jarama, a lo que hay que añadir que el proyecto impactaría igualmente a una Área protegida arqueológica de tipo C, lo que indica que es muy probable la aparición de restos arqueológicos.

Según indica Florent Marcellesi, coportavoz de la Coordinadora Verde, "de construirse la depuradora en cualquiera de estas dos opciones, supondría una vulneración a las Directivas Hábitat y Aves, y por lo tanto de la legislación europea ambiental. Nos tememos que detrás de esta táctica se abra la puerta a un verdadero entramado urbanístico en Valdemoro y que empieza con esta instalación".

Para Sonia Ortiga, coportavoz de la Coordinadora Verde: "Hemos pedido en las alegaciones a la Comunidad de Madrid, al igual que en la pregunta parlamentaría presentada ante el eurodiputado verde Raúl Romeva, que se anulen estos dos emplazamientos y que se incluya la alternativa 3, que situaría la depuradora en el margen derecho del Arroyo de la Cañada sin afectar a ningún espacio protegido"

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