Cuando dichas embarcaciones llegan al embalse, procedentes de sus localidades de origen, no se realiza sobre las mismas ningún tipo de desinfección, pudiendo facilitar la llegada al embalse de especies foráneas, que podrían extenderse por toda la cuenca del Tajo.

Ello podría producir graves daños medioambientales, sociales y económicos en toda la cuenca pues, entre las especies foráneas que podrían llegar, pudieran estar larvas del mejillón cebra, presente en las inmediaciones de algunas de las localidades de origen de las embarcaciones observadas en San Juan.

El mejillón cebra es una especie de mejillón procedente del Mar Negro, que habita en agua dulce y salobre, y que se ha extendido en los últimos años por diversas zonas de Europa y Estados Unidos, produciendo daños medioambientales y económicos de gran magnitud. A finales del pasado siglo se detectó su presencia en la Cuenca del Ebro, en la que se ha extendido de forma descontrolada (de hecho, una sola larva en un año puede dar lugar a una población de un millón de ejemplares). Esta especie está produciendo en la cuenca del Ebro daños ambientales muy graves, desplazando a las especies similares autóctonas. Asimismo, está produciendo también graves perjuicios a la población, recubriendo por completo los cascos de los barcos y canales de riego, y taponando conducciones para el abastecimiento urbano y el regadío. Incluso ha llegado a obstruir parcialmente las conducciones de agua para la refrigeración de la central nuclear de Ascó.

Ecologistas en Acción considera lamentable la inactividad tanto de la Confederación Hidrográfica del Tajo como de la Comunidad de Madrid, permitiendo la entrada y salida de embarcaciones a motor del embalse de San Juan sin realizar apenas controles ni desinfección alguna sobre esas embarcaciones, lo que constituye un riesgo de introducción de especies foráneas en el embalse, como el mejillón cebra, que rápidamente se extendería por toda la cuenca del Tajo, dañando gravemente las redes de abastecimiento a poblaciones y regadíos.

Por todo ello, Ecologistas en Acción considera que la forma más eficaz de corregir la actual situación pasa, y así se lo ha solicitado a la confederación Hidrográfica del Tajo, por prohibir tajantemente la presencia de embarcaciones a motor en el embalse de San Juan, salvo aquellas destinadas a labores de vigilancia o salvamento, y a las que se les deberá exigir en cualquier caso una desinfección a fondo. No hay que olvidar que el embalse de San Juan forma parte importante del abastecimiento a la Comunidad de Madrid, siendo además el único embalse con esa función en el que todavía se permite que naveguen embarcaciones a motor.