Los miembros de las comunidades indí­genas habí­an iniciado las manifestaciones a mediados de abril, en protesta por una serie de decretos legislativos sobre el uso de la tierra y los recursos naturales en la selva amazónica. No se consultó a las comunidades indí­genas sobre esta legislación, pese a que Perú ha ratificado el Convenio 169 de la Organización Internacional del Trabajo, que lo obliga a consultar con los pueblos indí­genas cualquier decisión o legislación que afecte a sus intereses. A consecuencia de las protestas, el 9 de mayo el gobierno declaró un estado de emergencia de 60 dí­as de duración en la zona.

El 5 de junio, tras 50 dí­as de protestas, la Policí­a Nacional disolvió por la fuerza a los manifestantes indí­genas que habí­an bloqueado la carretera de entrada a Bagua. Al menos 9 indí­genas y 24 policí­as murieron, y al menos 200 personas "“entre ellas 31 policí­as"“ resultaron heridas. Se teme que el número de manifestantes muertos sea mayor. Según fuentes locales, algunos de los manifestantes heridos no están recibiendo atención médica adecuada, ya que los centros de salud locales no están bien equipados.

La Defensorí­a del Pueblo ha confirmado que 79 manifestantes se encuentran bajo custodia de la policí­a. Sin embargo, no está claro qué trato están recibiendo, qué cargos se les imputan y si tienen acceso a asistencia médica o letrada.

Información complementaria
Amnistí­a Internacional ha recibido informes sobre uso excesivo de la fuerza por parte de la policí­a, así­ como sobre casos de agentes de policí­a secuestrados y muertos a manos de miembros de comunidades indí­genas.

Varios dirigentes de las organizaciones indí­genas relacionadas con las protestas han sido acusados de sedición y conspiración para alterar el orden público. Uno de ellos es Alberto Pizango Chota, presidente de la Asociación Interétnica de Desarrollo de la Selva Peruana. El 6 de junio, las autoridades dictaron una orden de detención contra él, y añadieron nuevos cargos, como homicidio calificado, ataque contra las fuerzas armadas y posesión ilegal de armas de fuego. Los cargos se castigan con penas de hasta 35 años de cárcel. Según parece, Alberto Pizango buscó refugio el 8 de junio en la Embajada de Nicaragua en Lima.

En un discurso pronunciado el 8 de junio, el presidente Alan Garcí­a relacionó a los manifestantes indí­genas con el grupo armado de oposición Sendero Luminoso y los acusó de terrorismo.