Las organizaciones ecologistas indican que esta autoví­a afectarí­a a espacios protegidos como "el rí­o Jarilla" o "los Acebuchales de la campiña sur de Cádiz" y muy especialmente a los Parques Naturales de "Los Alcornocales" y "El Estrecho" que, por su excepcional valor, también han sido declarados como LIC, ZEPA, IBA y Reserva de la Biosfera. Los grupos inciden en la grave amenaza que supone este proyecto para "los Alcornocales" pues, tras la A-381 "Jerez-Los Barrios", serí­a la segunda autoví­a que se construirí­a en pocos años en dicho espacio. Además, la zona del Estrecho de Gibraltar también se encuentra amenazada por múltiples proyectos como lí­neas eléctricas, industrias contaminantes, puertos, parques eólicos o grandes desarrollos urbaní­sticos.
La especie más perjudicada serí­a el murciélago ratonero mediano (Myotis blythii), un quiróptero amenazado y protegido como "Vulnerable" por el Catálogo Nacional de Especies Amenazadas. Esta infraestructura echarí­a a perder dos de sus refugios, uno de ellos la mayor colonia de España, cuando las poblaciones de esta especie están disminuyendo y para su conservación es muy importante la protección de este tipo de colonias. Asimismo, estas organizaciones advierten del daño que esta autoví­a causarí­a a especies tan sensibles como el águila imperial ibérica, el águila-azor perdicera, el aguilucho cenizo o el alzacola.

De hecho, el impacto de este proyecto es tan grande que ya en el año 2000 la declaración de impacto ambiental indicaba que se podí­a mejorar la actual N-340, pero no duplicarla, lo que de facto deberí­a desautorizar este nuevo proyecto. Los grupos ecologistas opinan que esta es la solución más razonable para carreteras con poco tráfico y que atraviesan zonas de alto valor ambiental. Una carretera con un buen diseño y un mantenimiento adecuado permite desplazarse rápidamente con la máxima seguridad para los conductores.

Amigos de la Tierra, Colectivo Ornitológico Cigí¼eña Negra, Ecologistas en Acción, SEO/BirdLife y WWF/Adena señalan que, a dí­a de hoy, esta nueva autoví­a no es necesaria. La actual N-340 tiene un tráfico de entre 3-7.000 vehí­culos/dí­a y los manuales señalan como razonable el desdoblamiento a partir de los 10-15.000. Además estos datos son anteriores a la inauguración de la A-381 "Jerez-Los Barrios", una autoví­a que ha quitado tráfico a la N-340 y que aún podrí­a desviar más tráfico si estuviera convenientemente señalizada.

Esta autoví­a se encuentra incluida dentro del Plan Estratégico de Infraestructuras y Transportes (PEIT). Un plan sobre el que la Comisión Europea mantiene abierta una queja contra España precisamente por no evaluar los efectos sobre los espacios protegidos de la red Natura 2000. Amigos de la Tierra, Colectivo Ornitológico Cigí¼eña Negra, Ecologistas en Acción, SEO/BirdLife y WWF/Adena no consideran prudente que se sigan aprobando autoví­as hasta que el PEIT y su correspondiente Plan Sectorial de Carreteras estén adecuadamente evaluados.

Para estas organizaciones: "La autoví­a se realizarí­a en un sitio de excepcional valor pues cada año más de 300.000 aves atraviesan esta zona en sus viajes migratorios. Estos ejemplares suelen descansar, antes de cruzar el estrecho, en zonas que se verán afectadas por el proyecto como la Janda", y añaden: "parece mentira que se sigan construyendo tantas autoví­as cuando somos el primer paí­s europeo en kilómetros por habitante y la tendencia en el resto de Europa es invertir en carreteras de menores dimensiones pero con mayor seguridad para los conductores".

Las cinco ONG recuerdan que, aunque se quiera financiar esta autoví­a con fondos europeos, los reglamentos comunitarios no lo permitirí­an si el proyecto vulnerara la normativa ambiental europea. Por ello, no consideran adecuado que esta infraestructura se financie con fondos europeos y así­ se lo comunicarán esta semana a la Comisión Europea