De los 131 taxones (especies y subespecies) de la avifauna española en estado de conservación desfavorable en España (categorí­as de amenaza y casi-amenaza de la UICN), 23 de ellos son especies propias de humedales. Entre las especies más amenazadas, En Peligro Crí­tico, se encuentran el Avetoro Común, el Tarro Canelo, la Cerceta Pardilla, el Porrón Pardo y la Focha Moruna. Mientras que la Malvasí­a Cabeciblanca y el Fumarel Común se encuentran En Peligro.

Estas siete especies reúnen la mayor parte de las principales amenazas que afectan a los humedales en los que habitan, que se pueden resumir en una pérdida de la calidad del hábitat por contaminación y sobreexplotación de los acuí­feros, como consecuencia de la intensificación agrí­cola, vertidos de todo tipo, drenajes, y otros manejos negativos, tales como la siega y quema de vegetación palustre en época de reproducción, el pastoreo intensivo en el entorno de los humedales, etc. Las actividades extractivas relacionadas con la pesca del cangrejo americano también suponen molestias en momentos sensibles durante la reproducción, y mortalidad de pollos en las nasas de pesca (p.eje. Cerceta Pardilla y Focha Moruna).

La caza de aves acuáticas ha tenido en parte su impacto por contaminación por la munición de plomo en el fondo de humedales (hoy en dí­a prohibida en los humedales), caza ilegal y confusión de especies protegidas con otras cinegéticas. Este último es un problema que afecta especialmente a la Cerceta Pardilla en humedales alicantinos y es probablemente la causa de que no pueda recolonizar humedales tan importantes como la Albufera de Valencia y el Delta del Ebro. También decenas de fochas morunas han sido abatidas ilegalmente a lo largo de los últimos años en determinados cotos de caza del Parque Natural de Doñana, probablemente por confusión con la Focha Común. Otras amenazas están relacionadas directamente con

Humedales de extraordinaria importancia mundial

Los hábitats acuáticos en España han sido los más destruidos históricamente por desecación. Sin embargo, al ser enclaves que concentran una gran riqueza natural, gran parte de ellos han sido protegidos por diversas figuras oficiales como Humedal de Importancia Internacional (Sitio Ramsar), Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA), Parque Nacional, Parque Natural o Reserva Natural.

Entre todos los humedales españoles destacan por su importancia mundial un centenar de ellos como las marismas del Guadalquivir, los complejos lagunares de La Mancha húmeda, el Delta del Ebro, las marismas de Santoña o los humedales sudalicantinos de El Hondo y Santa Pola. A pesar de que las zonas húmedas más importantes de nuestro paí­s están protegidas oficialmente, la adecuada gestión sigue siendo un tema pendiente en muchas de ellas.

Marismas del Guadalquivir

El proceso de degradación que experimentaron las marismas del Guadalquivir durante la primera mitad del s.XX, es la principal causa de la rarefacción de especies hoy en dí­a crí­ticamente amenazadas, tales como el Tarro Canelo que, procedente de los humedales del Magreb, solí­a visitar la Marisma tras la reproducción. Otras especies mucho más comunes en el pasado en Doñana son la Cerceta Pardilla, el Porrón Pardo y la Focha Moruna. Todas ellas han sufrido de forma severa el acortamiento del ciclo hidrológico en las marismas, haciendo muy difí­cil su reproducción, en particular en los años más secos. A esto se junta la mala calidad del agua (por contaminación con quí­micos utilizados en agricultura).

El Hondo y Salinas de Santa Pola

Son el principal núcleo reproductor de Cerceta Pardilla en España. A pesar de ello, no se soluciona el principal problema de la muy mala calidad del agua de los embalses del Parque Natural de El Hondo (Alicante). Esto ha provocado mortandades masivas por intoxicación por salmonelosis, botulismo y otras enfermedades. Los cambios bruscos del nivel de agua en los embalses de El Hondo, con motivo del riego agrí­cola (en época reproductora), son causa de fracaso reproductivo. Por otro lado, la urbanización de grandes complejos turí­sticos en los alrededores de las Salinas de Santa Pola está poniendo en grave peligro el futuro de este Parque Natural, también protegido como ZEPA y Sitio Ramsar.
Otros humedales que se encuentran en grave riesgo de perder su valor natural para especies amenazadas y que no cuentan con adecuada protección legal son la Laguna de los Tollos (Cádiz y Sevilla), la Cañada de las Norias (Almerí­a), la Laguna de Antela (A Limia, Ourense) o la Laguna de La Janda (Cádiz).